绝缘子的作用是有方向性的，这是在果蝇实验中发现的。果蝇(D.melanogaster)的黄色基因座y上插入转座子gypsy后，会造成有些组织中的y基因失活，但有些组织中y基因仍然有活性，其原因在于转座子gypsy的一端有一个绝缘子序列。当gypsy在》/基因座的不同位置上插入时，对基因的活性有不同的效应。

这是因为y基因的活性受4个增强子调控，当绝缘子正好插在启动子的上游时，就在翅肩(wing blade)和躯体上皮(body cuticle)组织中阻断基因的活化(来自上游的增强子)，但不阻断在刚毛(bristles)和跗足(farsal claws)组织中y基因的表达(来自下游的增强子)。

由于有些增强子位于启动子上游，有些位于下游，所以绝缘子的效应并不取决于绝缘子同启动子的相对位置。因此，对绝缘子效应的方向性的原因还没有弄清楚。目前已发现有两个基因座以反式活化方式影响绝缘子的功能。基因S2J(Hw)编码的核蛋白识别绝缘子，绝缘子同其结合后才有绝缘作用。当该基因突变后，尽管y基因座中插入了绝缘子，但失去了绝缘作用，y在组织中都表达。

另一个基因座是mod(mdg 4)，该基因发生突变后，其效应正好与Su(Hw)相反，即这些突变型都增强了绝缘作用，使绝缘子的绝缘效应不再有方向性而得到扩展，也就是阻断了上游和下游两侧的增强子的效应。有一种解释认为先是Su(Hw)同绝缘子DNA结合后，使绝缘子有绝缘效应。mod(mdg4)同Su(Hw)结合，使绝缘子失去绝缘效应;突变的mod(mdg4)不能同Su(Hw)结合，于是绝缘子又增强了绝缘作用。